Die Schiffbau- und Werftindustrie der Hansestädte Rostock, Wismar und Stralsund lag zum Ende des Zweiten Weltkrieges am Boden. Da faktisch alle Werftbetriebe als Zulieferer oder Produzenten für die Kriegsmarine arbeiteten, waren die Traditionsstandorte Rostock, Wismar und Stralsund Ziel mehrerer Bombenangriffe der Alliierten. Große Teile der Produktionsstätten wurden dadurch weitgehend zerstört. Die Überreste der Werftstandorte wurden unmittelbar nach Kriegsende durch die sowjetischen Besatzer beschlagnahmt, abgebaut und als Reparationsleistung in die Sowjetunion verschifft.
An den ostdeutschen Standorten wurden in den ersten Nachkriegsjahren lediglich Reparaturarbeiten, zumeist im Auftrag der sowjetischen Besatzungstruppen, durchgeführt. An größere Schiffsneubauten war aufgrund des Mangels an Maschinen, Personal und Rohstoffen kaum zu denken, dennoch liefen bereits am 22. Oktober 1945 zwei neu gebaute Halbjollen in Warnemünde vom Stapel. Diese sollten die Warnemünder Fischereiflotte ergänzen und so die angespannte Versorgung der Wohnbevölkerung mit Nahrung verbessern.
Auf Befehl der Sowjetischen Militäradministration in Deutschland (SMAD) sollten im Jahr 1946 achtzehn Holzkutter für die sowjetische Flotte gebaut werden. Nach und nach wurde der Werftbetrieb weiter ausgebaut und die Verwaltung in deutsche Hände übergeben. Der VEB Warnowwerft Warnemünde wurde zum 1. August 1948 gegründet, die Volkswerft Stralsund bereits knapp zwei Wochen früher am 15. Juli. Etwa einen Monat zuvor, am 20. Juni 1946, wurde in Wolgast die Peene-Werft gegründet. Die in der DDR unter VEB Mathias-Thesen-Werft Wismar bekannte Produktionsstätte wurde bereits im Sommer 1946 als Schiffreparaturwerk der Roten Armee gegründet. Zielstellung in den Anfangsjahren war neben Reparaturaufgaben die Modernisierung der sowjetischen Fischereiflotte und der Ausbau der sowjetischen Handelsflotte.
Anfang der 1950er Jahre nahm die Entwicklung der ostdeutschen Werftindustrie langsam Fahrt auf. Es entstanden zahlreiche Neubauten von Serienschiffen zumeist für die sowjetische V/O Sudoimport, den Außenhandelsbetrieb der UdSSR. Geliefert wurden die in Serienfertigung gebauten Schiffe, wie der Stückgutfrachter Typ IV, jedoch auch an andere Länder des RGW. Ein Teil der produzierten Schiffe wurde zudem in den Dienst des VEB Deutsche Seereederei gestellt, um den eigenen Bedarf an Transportmitteln für den internationalen Handel zu decken. Der VEB Warnowwerft Warnemünde war bis 1960 zum größten Schiffbaubetrieb der DDR herangewachsen und wurde ab 1959 zum Leitbetrieb der VVB Schiffbau entwickelt.
Die kleinere Volkswerft in Stralsund produzierte ab den 1950er Jahren ebenfalls für den internationalen Markt. Hier wurden wiederum andere Schiffstypen als in Warnemünde gebaut. Als Beispiel sei der Trawler „Atlantik“ oder der Nachfolger „Atlantik Supertrawler“ genannt.
Auch die Mathias-Thesen-Werft in Wismar baute ab den 1950er Jahren zahlreiche eigene Serien von Fischfang-, Handels- und Transportschiffen für den internationalen Bedarf. Im Gegensatz zu den Werftbetrieben in Stralsund und Warnemünde wurden jedoch auch Passagierschiffe in Wismar gefertigt. Der einzige Neubau eines Kreuzfahrtschiffes der DDR, die „Fritz Heckert“ lief 1960 vom Stapel. Für den Privatgebrauch wurden in Wismar zahlreiche Segel-, Falt- und Motorboote wie der „Delphin 110“ oder der „Kolibri“ gebaut.
Die Peene-Werft in Wolgast hingegen spezialisierte sich ab Anfang der 1950er Jahre auf die Produktion von kleinen Marineeinheiten. Ein Großteil des Bestandes an Schiffen und Booten der Volksmarine wurden hier gebaut. Ein Teil der Serienproduktion ging außerdem an andere Staaten des Warschauer Vertrages.
In den 1980er Jahren beschäftigte das Kombinat Schiffbau an den Standorten der Ostseewerften zehntausende Mitarbeiter. Durch die Planwirtschaft war die Auftragslage für die Werftindustrie sehr gut. Im Zuge der Wiedervereinigung verschärfte sich die Lage jedoch zunehmend. Da die alten Auftraggeber und Handelspartner nach und nach wegbrachen, war eine Rationalisierung und Neuorientierung für die Werftindustrie im Osten Deutschlands notwendig. Bestehende Unternehmensstrukturen im Westen Deutschlands sowie eine immer stärkere Konkurrenz aus Asien erschwerten den Transformationsprozess. Wie viele andere Betriebe auf dem Gebiet der DDR wurden die großen Werftstandorte nach und nach privatisiert. Tausende Beschäftigte verloren daraufhin ihren Arbeitsplatz. Nach Jahren der Umorientierung und wechselnder Besitzverhältnisse befinden sich die Werften in Warnemünde, Wismar und Stralsund heutzutage im Besitz der „Nordic Yards Holding GmbH“. Die Peene-Werft in Wolgast wurde 2012 durch die Bremer Lürssen-Gruppe übernommen.